Dla przywódcy III Rzeszy, Adolfa Hitlera, wrogiem zewnętrznym Niemiec była Francja i Żydzi, a wewnętrznym Żydzi. Pisał o tym w swojej programowej pracy "Mein Kampf". Od 1921 r. z Francją łączył Rzeczpospolitą Polską sojusz wojskowy. Z tego też względu stawała się ona potencjalnym przeciwnikiem Niemiec. Od jesieni 1938 r. minister Spraw Zagranicznych Niemiec Joachim von Ribbentrop podczas rozmów z przedstawicielami polskich władz wysuwał sugestię dotyczącą wcielenia Wolnego Miasta Gdańska do III Rzeszy oraz budowy przez polskie Pomorze eksterytorialnej autostrady, wiodącej z Niemiec do Prus Wschodnich.
Zgodnie z założeniami planu obronnego Rzeczpospolita miała toczyć wojnę z Niemcami w koalicji z Francją i Wielką Brytanią. Z tego też względu Wojsko Polskie miało przede wszystkim stawić skuteczny opór przeciwnikowi do chwili wyruszenia alianckiej ofensywy na zachodzie, zadanie możliwie największych strat agresorowi, związanie jego głównych sił, co ułatwiłoby sprzymierzonym natarcie. Dlatego nie było rzeczą najistotniejszą utrzymanie za wszelką cenę jakiegoś konkretnego terytorium, choć ze względów politycznych i gospodarczych zamierzano bronić wysuniętych na zachód i północ regionów kraju (Śląsk, Wielkopolska, Pomorze).
Klęska wrześniowa nie skończyła walki Polaków z okupantami. 30 września 1939 r. w Paryżu urząd prezydenta objął Władysław Raczkiewicz. Tego samego dnia powstał nowy rząd, na czele którego stanął gen. Władysław Sikorski, od 7 listopada sprawujący także funkcję Naczelnego Wodza. 12 września 1939 r. władze francuskie oddały do polskiej dyspozycji obóz ćwiczebny w Coëtquidan, w którym miała zostać sformowana dywizja piechoty. Nowe władze polskie podpisały umowy z Anglikami i Francuzami, dające podstawy prawne dla działania Wojska Polskiego na obczyźnie.
Agresja niemiecka na Danię i Norwegię (9 kwietnia 1940) spowodowała, iż jeszcze tego samego dnia aliancka Najwyższa Rada Wojenna podjęła decyzję o udzieleniu pomocy walczącej armii norweskiej, początkowo na morzu, a potem i na lądzie. W operacji tej wzięły udział jednostki polskie. Jeszcze 8 kwietnia okręt podwodny ORP "Orzeł" zatopił w pobliżu Kristiansund nieprzyjacielski transportowiec "Rio de Janeiro", wiozący do Norwegii niemieckie oddziały inwazyjne.
Opracowany przez sztab Naczelnego Wodza plan odtworzenia Wojska Polskiego zakładał zorganizowanie we Francji dwóch korpusów piechoty, dywizji pancernej oraz piętnastu-dwudziestu eskadr lotniczych. Źródem rekrutacji miała być licząca 750 000 osób (z czego 500 000 zachowało polskie obywatelstwo) emigracja polska we Francji oraz żołnierze polscy internowani po kampanii wrześniowej w Rumunii - około 30 000, na Węgrzech - 41 000, Litwie - 13 000 oraz Łotwie - 1500.
Już 25 października 1939 r. na konferencji delegacji lotniczych Anglii, Francji i Polski strona brytyjska wyraziła zgodę na przyjęcie 2300 polskich żołnierzy wojsk lotniczych (w tym około 300 personelu latającego). Przybyłych do Wielkiej Brytanii lotników lokowano w ośrodku na lotnisku Eastchurch pod Londynem. W 1940 r. rozpoczęto wysyłanie pilotów na praktyczne przeszkolenie w Redhill k. Londynu. Natomiast obserwatorzy i strzelcy samolotowi wstępne przeszkolenie przechodzili w Eastchurch, skąd potem kierowano ich do odpowiednich szkół brytyjskich.
W wyniku klęski Francji większość oddziałów polskich uległa zniszczeniu. Wtej sytuacji podjęto próbę odtworzenia Polskich Sił Zbrojnych na terenie Wielkiej Brytanii. Nie było to łatwe, gdyż z Francji do Wielkiej Brytanii zdołano ewakuować nieliczne grupy żołnierzy. Latem 1940 r. oddziały polskie liczyły zaledwie 27 614 żołnierzy. Wylądowanie polskich oddziałów wWielkiej Brytanii było naruszeniem brytyjskiego prawa konstytucyjnego, zabraniającego postoju obcych wojsk na terenie Zjednoczonego Królestwa bez zgody parlamentu. Zgodę taką otrzymano dopiero 22 sierpnia.
Z ewakuowanych żołnierzy polskich, internowanych w Rumunii i na Węgrzech oraz przedzierających się z okupowanej Polski ochotników, rozpoczęto w Syrii formowanie Brygady Strzelców Karpackich. Załamanie się Francji w czerwcu 1940 r., a następnie jej kapitulacja, postawiły brygadę w trudnej sytuacji. Pragnąc wykonać rozkaz Naczelnego Wodza gen. Sikorskiego, dowódca brygady gen. Stanisław Kopański postanowił przejść z podległymi sobie oddziałami z Syrii do Palestyny, tak aby znalazły się tam pod dowództwem brytyjskim.
Na podstawie zawartego 30 lipca 1941 r. układu pomiędzy rządami Polski i ZSSR, rząd sowiecki uznał za nieważne traktaty sowiecko-niemieckie dotyczące zmian terytorialnych Polski. Przywrócono także stosunki dyplomatyczne pomiędzy obydwoma państwami. Rząd sowiecki wyraził również zgodę na formowanie na terytorium ZSSR Armii Polskiej. W zawartej 14 sierpnia 1941 r. umowie wojskowej określono jej liczebność na 30 000 ludzi. Armia Polska w ZSSR miała składać się z jednostek lądowych. Żołnierze służący w lotnictwie lub Marynarce Wojennej mieli być kierowani do Wielkiej Brytanii w celu uzupełnienia znajdujących się tam jednostek polskich.
Armia Polska na Wschodzie powstała z połączenia Jednostek Wojska Polskiego na Wschodzie z ewakuowaną z ZSSR Armią Polską. Przybyłe z Rosji oddziały zostały rozmieszczone na terenie północnego i środkowego Iraku. Według zamierzeń polskiego dowództwa planowano utworzenie armii, jednak po przeanalizowaniu możliwości ludzkich i sprzętowych na konferencji polsko-brytyjskiej postanowiono utworzyć jedynie korpus z rozbudowanymi służbami.
Po początkowych sukcesach ofensywa wojsk sprzymierzonych w 1943 r. we Włoszech zaczęła tracić impet. Trudne jesienne warunki atmosferyczne, słaba sieć drogowa oraz tężejący opór Niemców sprawiły, iż front ustabilizował się wzdłuż umocnionych pozycji. Zamykały one drogę na Rzym, a kluczowym ich punktem było wzgórze Monte Cassino. Przeprowadzone trzy kolejne alianckie natarcia nie przełamały obrony. Nie dała też rezultatów próba obejścia pozycji niemieckich.
6 czerwca 1944 r. w północnej Francji, na wybrzeżu Normandii, rozpoczęła się operacja desantowa pod kryptonimem Overlord, początkująca inwazję na kontynent i otworzenie drugiego frontu w Europie. Oprócz polskiego lotnictwa i Marynarki Wojennej w działaniach sił inwazyjnych uczestniczyła polska 1 Dywizja Pancerna dowodzona przez gen. Stanisława Maczka.
Dywizja była kontynuatorką tradycji 10 Brygady Kawalerii Zmotoryzowanej z kampanii wrześniowej oraz 10 Brygady Kawalerii Pancernej z kampanii francuskiej 1940 r. Formowanie dywizji rozpoczęto w lutym 1942 r. Była ona rozlokowana na terenie Szkocji. Jednostka liczyła 16 100 żołnierzy, miała 381 czołgów, 470 dział i ok. 4000 pojazdów mechanicznych. Dywizja, a wcześniej 10 Brygada Kawalerii Pancernej, cieszyła się dużym zainteresowaniem władz polskich i brytyjskich.
Polska jednostka spadochronowa została utworzona 23 września 1941 r. jako 1 Samodzielna Brygada Spadochronowa. Inicjatorem jej powstania był dowódca 4 Brygady Kadrowej Strzelców płk dypl. Stanisław Sosabowski. Dzięki jego staraniom w końcu stycznia 1941 r. wysłano na kurs spadochronowy do brytyjskiego ośrodka w Ringway pierwszą grupę ochotników. Z chwilą podjęcia szkolenia spadochronowego żołnierze 4 Brygady zorganizowali własny ośrodek w Largo House. Część wyposażenia zakupiono za pieniądze żołnierzy, część wypożyczono w Ringway, zaś resztę wykonanno własnymi siłami. Dopiero w 1943 r., po zatwierdzeniu przez władze brytyjskie etatu brygady spadochronowej, otrzymano oficjalną pomoc.
W maju 1939 r., podczas polsko-brytyjskich rozmów sztabowych, prowadzonych w Warszawie, ustalono, że 3 polskie niszczyciele jeszcze przed wybuchem wojny z Niemcami odpłyną z kraju do Wielkiej Brytanii. Stamtąd miały wyruszać jako osłona konwojów ze sprzętem wojskowym dla Polski, kierowanych do rumuńskiego portu w Gałaczu. Okręty (ORP "Błyskawica", "Burza" i "Grom") 30 sierpnia 1939 r. opuściły port wojenny w Gdyni-Oksywiu i 1 września zawinęły do szkockiego portu w Leith. Wkrótce dołączyły do nich, po brawurowych przejściach przez cieśniny bałtyckie, patrolowanych przez jednostki pływające Kriegsmarine, okręty podwodne ORP "Wilk" (20 września) i "Orzeł" (14 października).
Sukcesy polskich lotników podczas bitwy o Anglię miały duży wpływ na rozwój Polskich Sił Powietrznych. Już 28 sierpniu 1940 r. przystąpiono do formowania kolejnego dywizjonu myśliwskiego - 306. Gotowość bojową osiągnął 4 listopada. Wkolejnych latach wojny tworzono dalsze jednostki - ogółem sformowano 15 dywizjonów różnego przeznaczenia (myśliwskie, bombowe itp.). W 1941 r. polskie lotnictwo myśliwskie stanowiło 1/8 całego takiego lotnictwa RAF. W związku z jego rozrostem liczebnym utworzono trzy polskie skrzydła myśliwskie.
Ujawniony 9 kwietnia 1943 roku przez Niemców mord na oficerach polskich w Katyniu spowodował kryzys w stosunkach polsko-sowieckich, a w jego wyniku 25 kwietnia 1943 r. rząd sowiecki zerwał stosunki dyplomatyczne z rządem polskim w Londynie. Komuniści polscy w ZSSR wystąpili wówczas z inicjatywą utworzenia Związku Patriotów Polskich, którego zadaniem było roztoczenie opieki nad Polakami w ZSSR i zorganizowanie polskich oddziałów mających walczyć u boku Armii Czerwonej.
26 września do oblężonej przez Niemców Warszawy przyleciał z Rumunii oficer do specjalnych poruczeń Naczelnego Wodza mjr Edmund Galinat. Przywiózł on rozkaz nakazujący zorganizowanie podziemnej organizacji do walki z okupantem. Następnego dnia taką organizację powołano pod nazwą Służba Zwycięstwu Polski. Jej komendantem został gen. Michał Tokarzewski-Karaszewicz. Wpaździerniku 1939 r. uformował się sztab organizacji, powołano też komisarza cywilnego. Wynikało to z faktu, iż pracę prowadzono w dwóch kierunkach - wojskowym i cywilnym.
Największą bitwą Armii Krajowej stało się Powstanie Warszawskie. Było to także największe wystąpienie zbrojne w całej okupowanej Europie. Z tego względu należy mu się osobne wspomnienie. Odwrót wojsk niemieckich, spodziewane wkroczenie Sowietów do Warszawy, nastroje mieszkańców miasta oraz widoki na polityczne korzyści udanej akcji zbrojnej przemawiały za podjęciem walki w stolicy.
Wśród licznych grup konspiracyjnych, działających na ziemiach polskich, należy wspomnieć o podziemiu komunistycznym, ściśle współpracującym z Sowietami. W 1942 r. została utworzona Polska Partia Robotnicza, która powołała swoją zbrojną organizację pod nazwą Gwardia Ludowa. Ta z kolei 1 stycznia 1944 r. przekształciła się w Armię Ludową (dowódca gen. Michał Rola-Żymierski). Oddziały komunistycznego podziemia miały w tym roku skupiać ok. 20 000 ludzi.
Przegrana przez Polaków kampania 1939 r. sprawiła, iż terytorium Rzeczpospolitej znalazło się pod okupacją. Zarówno Niemcy, jak i Sowieci, starali się zniewolić polskie społeczeństwo, pozbawić je naturalnego odruchu oporu. Temu celowi podporządkowane zostały działania aparatu represji. Już 7 października 1939 r. Heinrich Himmler uzyskał nominację na komisarza Rzeszy dla umocnienia niemczyzny. Podlegał mu aparat SS i policji. Niemieckie siły policyjne na ziemiach polskich liczyły od 30 000 do 150 000 ludzi. Aparat policyjny uzupełniało sądownictwo, które aktom terroru nadawało pozory legalizmu.
Od 1933 r. na terenie III Rzeszy powstawały obozy koncentracyjne, w których przede wszystkim osadzano przeciwników politycznych. Pierwszy obóz utworzono w Dachau, zaś kolejne w Sachsenhausen, Buchenwaldzie, Flossenbürgu, Mauthausen i Ravensbrück. Po rozpoczęciu wojny sieć niemieckich obozów znacznie rozszerzono, a ich charakter zróżnicowano. Nowe obozy powstawały nie tylko na terytorium Niemiec, ale także na terenach okupowanych.
Jedną z form terroru na okupowanych ziemiach polskich była prowadzona przez cały okres wojny akcja wysiedleńcza i deportacyjna. Miała ona miejsce zarówno na terenach pozostających pod okupacją niemiecką, jak i (do 1941 r.) sowiecką. Pierwsze zarządzenie w sprawie wysiedleń wydał szef SS i policji Heinrich Himmler już 30 października 1939 r. Powołano specjalny urząd przesiedleńczy z siedzibą w Łodzi, podległy policji bezpieczeństwa w Poznaniu.
Już od pierwszych dniach września 1939 r. zamieszkująca na terytorium Polski ludność wyznania mojżeszowego stała się celem prześladowań ze strony Niemców. 21 września Reinhard Heydrich, szef Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy, wydał podległym sobie organom SD i SS instrukcję dotyczącą tworzenia żydowskich gett na zajmowanych przez Niemców terenach. Pierwsze getta (części miast zamieszkałe wyłącznie przez Żydów) powstały już w końcu 1939 r. (w październiku w Piotrkowie Trybunalskim, w grudniu w Puławach i Radomsku).
Podczas kampanii 1939 r. wielu polskich żołnierzy dostało się do niewoli, zarówno niemieckiej, jak i sowieckiej. Już podczas trwania walk oddziały Wehrmachtu i Armii Czerwonej dopuszczały się zbrodni wojennych. Np. w Katowicach zamordowano 80 jeńców, pod Ciepielowem ok. 250, w Zambrowie ok. 300, w Zakroczymiu ok. 500 czy w Grodnie i pod Szackiem. W Niemczech system obozów jenieckich był bardzo rozbudowany, odrębny dla obszarów operacyjnych i dla terenów III Rzeszy.
W chwili napaści Niemiec (1 września 1939) i ZSSR (17 września) na Polskę rząd Rzeczpospolitej dysponował gwarancjami władz brytyjskich i francuskich dotyczącymi nienaruszalności swych granic. Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej (22 czerwca 1941) rządy Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych 14 sierpnia podpisały deklarację ("Karta Atlantycka"), która określiła zasady postępowania obu państw: wyrzeczenie się podboju obcych terytoriów, prawo każdego narodu do suwerenności i wyboru odpowiadającej mu formy rządów, zasady powojennej współpracy wszystkich państw na równych prawach, wyrzeczenie się siły w stosunkach międzynarodowych.
W okresie II wojny światowej Wojsko Polskie stanowiło czwartą siłę aliancką (po armiach ZSSR, USA i Wielkiej Brytanii). W1945 r. liczyło około 600 000 żołnierzy. Jedynie Polacy (prócz, rzecz jasna, Niemców) uczestniczyli w II wojnie światowej w Europie od pierwszego do ostatniego dnia jej trwania (1 września 1939-8 maja 1945). W wyniku tej wojny Polska poniosła olbrzymie straty, zarówno ludzkie, jak i materialne. Większość z nich była skutkiem zbrodniczej działalności okupantów, zaś w znacznie mniejszym stopniu - bezpośrednich działań wojennych.